基于進一步加大水環境綜合治理的迫切需要以及現行排水管理體制的實際情況，城建環資工委認為， 排水許可與排污許可可以并行實施，但必須在立法中明確界定兩證發放的范圍，為此《草案修改建議稿》規定：工業企業排水單位、污水處理企業以及污水排入自然水體的排水單位和個人，由環保部門發放排污許可證;污水排入市政排水設施的工業企業之外的其他生產、經營單位和個人，由水務部門發放排水許可證，從而避免 實踐中出現重復審批和多頭執法問題。在此基礎上，《草案修改建議稿》還對環保和水務兩部門的監管職責進行了明確劃分，防止出現交叉管理。

   排污許可證制度是指凡是需要向環境排放各種污染物的單位或個人,都必須事先向環境保護部門辦理申領排污許可證手續,經環境保護部門批準后獲得排污許可證后方能向環境排放污染物的制度。
　　實施污染物排放許可證制度后，容許排污權交易是國內環保制度的重大創新。排污單位經治理或產業（包括產品）調整，其實際排放物總量低于所核準的允許排放污染物總量部分，經環保部門批準，允許進行有償轉讓。但是，由于在現行的管理安排中，采取的是由政府征收排污費的制度，是一種非市場化的配額辦法，而不是使用市場交易的方式。所以從國內的情況來看，將排污權的交易具體化為一項可以操作的制度安排，并加以實際實施，需要在運行機制上進行探索。2001 年９月，亞洲開發銀行資助的“二氧化硫排污交易制”在山西省太原市２６ 家企業試點，首開國內排污權交易之先河。

二、關于排水許可證的相關申請

而排水許可證制度是依據建設部1994年頒發的《城市排水許可管理辦法》，對所有凡直接或者間接向城市排水設施排水的單位、個體經營者（簡稱：排水戶）進行管理的制度。辦法所稱城市排水設施，是指接納、輸送城市污、廢水和雨水的管網、溝（河）渠、泵站、起調蓄功能的湖塘以及污水處理廠、污水和污泥處置及其相關設施。

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